En el futuro, una nueva raza de robots pensantes ha sido creada, estos robots son llamados Repliroid. Un día, los Repliroid, por decisión propia se rebelaron contra la humanidad, y fueron llamados Irregular. Para combatirlos se creó una organización llamada "Irregular Hunter", pero el líder de los Hunters, Sigma, termino convirtiéndose en el líder de los Irregular. Ahora, Rockman X, un Hunter de rango "B", junto a su superior, Zero, deben resolver este incidente.