Cyborg 009 es la historia de un joven delincuente medio japonés, Shimamura Joe, también conocido como "Cyborg 009". "Black Ghost", una organización de alto secreto que está empeñada en promover la guerra mundial, secuestra a Joe junto con otros ocho miembros indeseados de la sociedad y los convierte en cyborgs. Aunque la organización pretende convertir al grupo en una super máquina de matar, no pasa mucho hasta que Joe y sus nuevos compañeros se revelan contra Black Ghost y escapan con la ayuda de un viejo científico. Una vez Joe y sus amigos son libres, Black Ghost envía una serie de cyborgs y robots gigantes para su persecución. Usando sus nuevos poderes y habilidades, nuestros héroes van un paso por delante de Black Ghost y sus malvadas maquinaciones, ¿pero podrán salvar al mundo de su diabólico plan?