Shinji Ikari asiste a la Academia Nerv y vive una vida relativamente aburrida. En una de sus típicas salidas nocturnas para comprar algo en una máquina expendedora, ve a una compañera de clase, Rei Ayanami, y a otro chico que no había visto nunca. Momentos después se le cae la moneda debajo de la máquina expendedora y al ir a cogerla encuentra una especie de piedra misteriosa debajo. El día siguiente, conoce a Kaworu Nagisa, un alumno de intercambio que llega a la Academia Nerv, y resulta ser el mismo chico que vio la noche anterior. Cuando intenta descubrir cual es su relación con Rei, se ve envuelto en una batalla contra el "ángel" Ramiel, el cual amenaza con matar a Shinji si no le entrega la piedra. Después de ese hecho Shinji descubre que Kaworu, Rei y otra compañera de clase llamada Asuka Langley Soryu son cazadores de ángeles.