En el año 300X la Tierra cae bajo el dominio del malvado Imperio Margarita y el emperador Calvalluent IV, quien, para afianzar su poder, decide crear un ejército de Cazadores de Pelo, que se dedican a rapar a la gente de todo el mundo. Bobobo, que desde pequeño tuvo la especial habilidad de comunicarse con el pelo de la gente e incluso con el suyo propio, se ve empujado a luchar contra Bola de Billar IV y toma el seudónimo de "El liberta-cabelleras". Con la ayuda de cada vez más personajes, igual de variopintos que él, y sus ataques con los pelos de la nariz, irá derrotando a las diferentes divisiones del ejército del malvado emperador, hasta crear un mundo en el que el pelo de la gente pueda ser libre.