En la historia una flota de buques cargados con super armas de repente aparecen por todo el mundo, sin la habilidad de poder defenderse, la humanidad fué derrotada y ya no podía navegar en los mares; 17 años después de la devastadora gerra naval, Chihaya Gunzou y sus amigos toman posesión de un submarino y lo renombran como como I-401 así comienzan a combatir contra el enemigo