Siglo Universal 0153. Han pasado 17 años desde que los "Steel Seven" derrotaron a los restos del Imperio de Júpiter. Mientras se desata un nuevo conflicto entre una facción del Side 2 conocida como el Imperio Zanscare y la Liga Militar/Federación de la Tierra, un estudiante de secundaria del Side 3, Font Baud, es perseguido por las fuerzas especiales de Zanscare cuando descubre su arma secreta Newtype. Sin embargo, se encuentra con una niña, a la que acompaña un ciego, y es rescatado por el extraño regreso de un Mobile Suit que derrotó a los jovianos.