10 años después de la Guerra del Santo Grial, una batalla librada por Maestros y Sirvientes por el recipiente que concede los deseos, el Santo Grial, estalla otra guerra en la ciudad de Fuyuki. Shirou Emiya, el hijo adoptivo de Kiritsugu Emiya, participante de la Guerra del Santo Grial anterior, lleva una vida pacífica con sus seres queridos. Especialmente cerca de él está su estudiante de primer año Sakura Matou, quien trae bondad a su vida solitaria. Pero una vez que comienza la Guerra del Santo Grial, la vida pacífica de Shirou se rompe.