Gakuen Alice cuenta la historia de Mikan Sakura, una niña de 10 años que en busca de su mejor amiga, Imai Hotaru, ingresa de forma imprevista en una escuela muy especial y extraña. A ella sólo pueden entrar personas que posean un alice, es decir un poder especial que puede ser de cualquier tipo, desde la telepatía o volar hasta controlar el fuego o convertirse en gato. Y Mikan sin saberlo cuenta con un alice, que al principio para todos era insignificante por eso termino en grupo de los "alice especiales"... Tambien hay un grupo de "alice peligros", en el cual se encuentra Natsume, los estudiantes de este grupos son utilizados por los directivos del colegio para realizar misiones secretas y peligrosas.