Han pasado 6 meses desde la rebelión de Sigma. Rockman X ahora es el líder de la Unidad 17 de los Irregular Hunter. Sin embargo, una nueva organización Irregular ha aparecido, Counter Hunter, quien ha empezado una nueva serie de ataques a la ciudad. Dentro del caos, X siente la presencia de Sigma, quién se supone estaba muerto. Además, el cuerpo de su compañero caído, Zero, ha sido robado por los Counter Hunter.