Kekkai Sensen: Beat 3 Peat se centra en la organización anticrimen "Libra" y sus batallas en Hellsalem's Lot, antes conocida como la ciudad de Nueva York. Hellsalem's Lot se creó en una sola noche cuando se abrió un portal al "Más Allá", y ahora es un crisol paranormal de monstruos, magia y la vida cotidiana de la ciudad. Libra debe evitar que los horrores de esta ciudad se extiendan al mundo exterior.