Lucy, una diclonius (mutación y siguiente eslabón del Homo sapiens sapiens; se caracterizan por tener dos pequeños cuernos y por unos brazos invisibles de dos metros que les dan un poder tremendo), consigue escapar del recinto donde permanecía en estudio, descuartizando a un buen número de guardias en el camino. Finalmente, un francotirador con un rifle antitanques le consigue atravesar el casco y la deja inconsciente, por lo que cae al mar y es arrastrada por la corriente hasta una playa. Allí es encontrada por Kouta y su prima Yuka, quienes la llevan al viejo restaurante que acaba de habitar Kouta. Debido al impacto, Lucy ha sufrido un desdoble de personalidad y ha pasado de ser una sádica asesina a una inocente muchacha que solo sabe decir Nyu, por lo que deciden llamarla así. A partir de aquí empieza a desarrollarse tanto la trama principal como una serie de tramas secundarias, donde entran en juego muchos más personajes.