La historia de Kannagi empieza cuando Jin Mikuriya, un estudiante de arte, talla una estatua de la madera de una árbol sagrado y, de repente, la estatua cobra vida. Resulta que el árbol estaba poseído por una diosa guardiana, que ahora se ha encarnado en la estatua. La diosa, Nagi, se enfada muchísimo cuando descubre que su árbol sagrado ha sido cortado debido a reformas urbanísticas y se entristece mucho pensando que ya no podrá proteger a la gente de la tierra que guardaba.