La historia sigue a Link, un joven granjero de la aldea de Ordon que oculta un pasado turbulento. Su vida tranquila termina cuando una oscuridad sobrenatural comienza a devorar el reino de Hyrule, transformando el mundo en el Reino Crepuscular. Al ser arrastrado a esta dimensión, Link sufre una extraña transformación y se convierte en un lobo. Allí conoce a Midna, una criatura misteriosa y sarcástica que dice ser la verdadera princesa del Crepúsculo. A diferencia de ella, el usurpador Zant ha tomado el trono y busca sumir a ambos mundos en las sombras eternas. Link y Midna deberán formar una alianza para recuperar los fragmentos del Cristal de las Sombras y despertar a los Espíritus de la Luz. A diferencia del videojuego, el manga profundiza mucho más en el conflicto interno de Link, sus dudas como héroe y la relación emocional que desarrolla con Midna mientras luchan por salvar a la Princesa Zelda y expulsar la oscuridad.