Shinji Saitou es un estudiante de preparatoria con la costumbre de hacer bromas para quitarse el aburrimiento. Un dia, despues de una riña con sus amigos cercanos, recibe un correo mostrandole "como hacer una persona invisible". Lo que prosigue es un encuentro que amenaza con separarlo de Sodegi Kana, una chica que corresponde sus sentimientos. Se trata del encuentro con otra chica, que comparte una profunda y desconocida coneccion con Shinji, eso lo lleva a transformarse a si mismo en una de las "personas invisibles".