La historia sigue a Medaka Kurokami, una estudiante perfecta de primer año; de perfecto cuerpo, de perfectas notas, de perfecto carácter, que es elegida presidenta del Consejo de Estudiantes de la Academia Hakoniwa con el 98% de los votos. En su mandato, ella instaura una caja de sugerencias, en donde el alumnado de la academia podía hacer llegar sus problemas. Con la ayuda de su amigo de la infancia, Zenkichi Hitoyoshi, y con los demás miembros del consejo, como Kouki Akune (Secretario) y Mogana Kikaijima (Tesorera), se ocupan de cumplir con estas solicitudes para hacer de su escuela un lugar mejor.