Yu-Gi-Oh! R es un manga spinoff de la serie original, Duel Monsters. Fue publicado en la revista mensual de Shueisha, V-Jump en Japón. El manga es hecho por Akira Itou. Yu-Gi-Oh! R es una historia alterna que toma lugar luego de la derrota de Marik Ishtar. Yako Tenma, el protegido e hijo adoptivo de Pegasus J. Crawford decide vengar la muerte de su senpai. Tenma se apodera de la Corporación Kaiba mientras Seto Kaiba se encuentra en Estados Unidos. Él secuestra a Anzu Masaki, incitando así a Yugi Muto y sus amigos Katsuya Jonouchi e Hiroto Honda a enfrentarse contra el Proyecto RA y los profesores de Duelo. Seto Kaiba y su hermano Mokuba también aparecen para intentar recuperar su compañía.