Tras una extraña pesadilla, una chica de 14 años llamada Madoka Kaname y su mejor amiga Sayaka Miki se encuentran con una extraña criatura llamada Kyubey, que les ofrece hacer un contrato por el que pueden pedir un deseo a cambio de convertirse en una chica mágica y luchar contra las brujas, seres nacidos de la desesperación responsables de asesinatos y suicidios. Por otro lado, una estudiante recién llegada llamada Homura Akemi está decidida a impedir que Madoka acepte la oferta. Al examinar la vida de una chica mágica, Madoka se da cuenta de que no es algo tan deseable como pensaba y que supone encontrarse constantemente con la muerte, el aislamiento y la agonía. Madoka pronto descubre el lado más oscuro de ser una chica mágica y se cuestiona si realmente debería ser una