Shuuichi Inaba es un estudiante de una escuela especial para jóvenes prodigios y uno de los usuarios de la nueva y popular aplicación llamada "Alice in Cyberland", una app con una Inteligencia Artificial que le permite al usuario hablar con ella como si lo hiciera con otro humano. Cuando algunos de los estudiantes de su escuela comienzan a ser atacados por un misterioso culpable, Shuuichi se propone encontrar a esa persona. En su investigación, él se encuentra con "Alice", un tipo de programa especial, que, a cambio de ayudarlo con su investigación, le pide solo saber algo que no le diría usualmente a nadie más, su más grande y oscuro secreto.