La historia gira alrededor de 15 estudiantes que se encuentran atrapados en la escuela bajo el control de un oso sádico llamado Monokuma. Para escapar, los estudiantes deben "graduarse" de la escuela. Para ello, tienen que asesinar a un compañero de clase. Después que su cuerpo haya sido descubierto, el resto de los estudiantes deben trabajar juntos para descubrir al culpable. Si el culpable puede engañar al resto de sus compañeros de clase,él podrá graduarse de la escuela, pero el resto de los estudiantes serán castigados. Sin embargo, si los compañeros descubren el verdadero culpable, entonces sólo él será el castigado con una ejecución espantosa mientras todos los demás se mantienen ilesos.Este manga cuenta los sucesos de la historia desde la perspectiva de cada uno de los estudiantes, contándonos sus motivos y las razones detrás de sus actos. ¡Una historia que nunca fue contada en el anime!