La trama de Fate/Hollow Ataraxia se situa 6 meses después de los eventos de Fate/stay night. Al igual que su homólogo anterior, la historia se desarrolla en Ciudad Fuyuki. Con Bazett Fraga McRemitz, un miembro de la Asociación de magos y Master en la quinta Guerra del Santo Grial, que despierta en el cuarto día de la guerra con un nuevo Servant Avenger, y no recuerda nada de lo que pasó con ella de antemano. Ella y Avenger no pueden dejar de luchar hasta ganar la guerra por el Grial.