En un futuro post apocaliptico, tres facciones están en conflicto: el Ejército de Garan, el Ejército de Kiba y Hachiryoukaku. Esto debido a que cada dominio de los tres bandos es rico en materia prima, por lo que se inicia una carrera armamentista. En esta isla se encuentra un dispositivo gravitariorio que podría poner en peligro al planeta, por lo que Ryo Magami y Ken Kaido son enviados a encontrarlo, con la ayuda del Mazinkaiser SKL, una versión customizada del Mazinkaiser original.