Todo el mundo en el Planeta Relojero (Clockwork Planet) considera a Naoto Miura un loco de la maquinaria. Cada momento de cada día, tiene su mente en los engranajes y sus manos jugueteando con delicados motores mecánicos. Pero nadie entiende cómo puede oír y sentir los engranajes en funcionamiento, incluso desde una gran distancia. Entonces un día, una doncella relojera cae del cielo, presagiando eventos que sacudirían al mundo entero...