Al igual que los anteriores Battle Royale, una clase de estudiantes de secundaria son elegidos para competir en combates a muerte en una isla hasta que sólo queda uno. El manga sigue el punto de vista de la Chica nº 10, Makoto Hashimoto, una chica con mala suerte que teme que su clase sea elegida para participar en "el programa", un misterioso acontecimiento que obliga a los estudiantes a matarse entre sí. Makoto asiste al instituto Shikanotoride Junior High School. Tras los ánimos de su mejor amigo Itou Yamamoto y de su madre, decide enfrentarse a las posibilidades. Sus temores quedan supuestamente disipados cuando se corre la voz de que los 50 Programas ya han sido ejecutados en el año, por lo que es 100% improbable que participen....