Tsutomu Senkawa es un chico promedio de secundaria que está ocupado estudiando para sus exámenes de ingreso de último año. Un día, Tsutomu se topa con un hombre que huye del oficial de la Federación Espacial Birdy Cephon Altera. El hombre arroja a Tsutomu a Birdy, quien lo mata solo para darse cuenta de su error justo después. Para salvar su vida, el cuerpo de Birdy y Tsutomu se fusionan en uno, y deben alternar entre ser un estudiante de secundaria y ser un oficial de la Federación en la búsqueda de criminales interplanetarios.