La serie cuenta la historia de Sho Fukamachi, un muchacho comun y corriente que un dia junto a su amigo Tetsuro Segawa, encuentra un extraño artefacto que lo asimila y transforma en Guyver, un super soldado que ahora debe usar sus poderes y habilidades para proteger a sus amigos y a sí mismo de una organización llamada Chronos, quien desea apoderarse de los secretos del artefacto encontrado por Sho. Para ello, enviarán a terribles humanos modificados llamados Zoanoids, con quienes Sho deberá combatir para mantener fuera de peligro no solo a su gente, sino además a salvo al mundo de lo que pueda hacer Chronos si llega a poseer tal tecnología.