Vagabond nos relata la historia de Shinme Takezo, un joven salvaje que no duda en involucrarse en combates a muerte para forjarse una reputación y que está destinado a convertirse en el legendario Santo de la Espada Miyamoto Musashi. Este es el viaje de un joven vagabundo con una sola meta "ser invencible bajo el sol" y para esto desafiará a los más grandes artistas marciales de su época lo cual hará crecer como guerrero y como persona.