Kodomo no Jikan narra las desventuras que sufre un profesor llamado Daisuke Aoki que ingresa a una escuela como tutor. En su clase conocerá a Rin Kokonoe, una niña de 9 años que sentirá una "atracción" hacia él y hará cosas que le pueden causar problemas a Aoki y que le podrían hacer perder su empleo y reputación. Además, Rin tiene dos amigas, la temperamental Kuro (a quien le gusta Rin y odia a Aoki) y la amable e ingenua Mimi.