El detective juvenil más famoso de Japón, el estudiante de secundaria, él es Shinichi Kudo, se encuentra en un parque de atracciones junto a su amiga de la infancia Ran Mouri, de la que está secretamente enamorado pero él no sabe que ella también lo está de él. Allí, después de resolver un nuevo caso de muerte, se separa de su amiga y presencia un intercambio sospechoso de dinero entre uno de los hombres vestidos de negro que estaba presente en el caso anterior y un hombre misterioso. Mientras los espiaba, Shinichi es atacado por la espalda por el compañero del hombre de negro, y le administran un veneno el APTX 4869 con el fin de matarlo. Sin embargo el veneno tuvo un efecto inesperado: el cuerpo de Shinichi pasó a convertirse en el de un niño de 7 años.Ahora, haciéndose llamar Conan Edogawa y ocultando su verdadera identidad con tal de proteger a los suyos y a él mismo de los Hombres de negro, el joven detective se traslada a casa de Ran y su padre: el detective Kogoro Mouri quien no es muy prestigioso. Ninguno de ellos sabe que Conan es, en realidad, Shinichi y este utilizará su secreto para resolver los casos del propio Mouri en su nombre y sin que nadie lo sepa. Ni el propio Kogoro.Los únicos que conocen su verdadera identidad son, entre otros, el profesor Hiroshi Agasa, quien le facilitará toda clase de inventos y consejos para sus investigaciones; Heiji Hattori, un detective adolescente como Shinichi, pero a diferencia de este, Hattori vive en el área de Kansai en Osaka; Yusaku y Yukiko Kudo, padres de Shinichi Kudo; Shiho Miyano/Ai Haibara/Sherry en la organización, la inventora del veneno APTX 4869, que lo ingiere con el fin de suicidarse, pero para su sorpresa rejuvenece; y Vermouth una miembro de la Organización.Poco a poco se verán involucrados en esta apasionante historia nuevos Hombres de Negro, el FBI y la CIA teniendo como trasfondo la relación entre Ran y Shinichi y la resolución de infinitos misterios.