Zelda navega en la nave de Tetra, pero les aborda un barco fantasma que rapta a la capitana. Link está decidido a rescatarla, pero cae al mar y se separan. Naufraga en una isla donde conoce a la amnésica hada Ciela y al capitán Linebeck… ¡y allí da comienzo su aventura en pos del barco fantasma!