La historia de Tokyo Ghoul: JACK se desarrolla doce años antes del inicio de la historia principal entorno a la vida estudiantil del Ángel de la Muerte del CCG, Kishou Arima, durante preparatoria y como a través de un caso que involucre la aparición del ghoul "Lantern", se relacionara con Taishi Fura, un especie de yankee de secundaria que comenzará a ayudar a Arima en los casos que resuelve para el CCG cuando la tragedia alcance a sus amigos de infancia.