*Totsukuni no Shoujo* sigue a una niña llamada Shūzō, quien vive en un mundo apartado y aislado, separado del resto de la humanidad. Su vida transcurre tranquila y llena de misterio hasta que conoce a un extraño ser que parece haber salido de un cuento de hadas, y cuya naturaleza no es humana. A medida que Shūzō forma una conexión con este ser, se ve envuelta en una serie de eventos extraordinarios que desafían su comprensión de la realidad.