El manga se centra en Yuru, un niño que vive en un remoto pueblo de montaña, dedica su tiempo a cazar pájaros y es uno con la naturaleza. Pero un día, la hermana gemela menor de Yuru, Asa, es llamada a servir en la cárcel en el corazón de la aldea, y su deber también la confina allí. Yuru desentraña lentamente el misterio antinatural que se esconde debajo de su tranquila aldea.