Sakura Sakurakouji es una chica de apariencia modesta y gentil, pero en realidad es muy buena en las artes marciales. Después de ver a un chico quemando gente con su llama azul, se sorprende al ver que ese mismo chico es el estudiante de transferencia, Ogami Rei. Ogami es un Code: Breaker, un ser que no existe. Aparentemente es un asesino a sangre fría que sigue el principio de “ojo por ojo” y de usar “el mal contra el mal”. Convencida de que matar está mal, Sakura se propone detenerlo.