Junio de 1983, Maebara Keiichi es un joven estudiante perteneciente a una familia clase media, quienes en busca de descanso deciden mudarse a la pequeña y apartada villa de Hinamizawa. Aquí, el aire de los bosques es extraño, misterioso, pero Keiichi logra sentirse a gusto en ese sitio que de alguna forma se ve tan acogedor. También hace algunas amigas en su nuevo colegio, y con ellas se dedica a las actividades del club que tienen después de clases, en su mayoría practicar juegos de estrategia y cartas. Los días transcurren y el pueblo parece tan normal y tranquilo como siempre... hasta la llegada del “Watanagashi”, un festival local en el que se agradece al dios Oyashiro-sama. Keiichi se entera que desde hace cuatro años en la noche del festival una persona muere y otra desaparece, como consecuencia de una maldición desatada por la furia de este dios. Entonces, su mundo comenzará a distorsionarse. Ahora conoceremos a la hermana gemela de Mion, Sonozaki Shion; afectando a Keiichi.