En un país moderno, donde el gobierno está controlado por un General marciano y los samuráis gozan de mucho respeto, viven dos gemelos de la familia Skakido. Kou, el hermano, es muy femenino, destaca en la cocina, limpieza y el arte; Tsukiko, la hermana, es masculina, le encanta luchar y es un genio del combate. Los gemelos descubren la existencia del Samurai High School (instituto samurai), pero sólo pueden asistir intercambiando los papeles. Si los descubren, serán ejecutados.