GITS Stand Alone Complex tiene lugar en el año 2030, en la ciudad japonesa ficticia de New Port. La historia sigue a los miembros de la Sección 9, una fuerza de operaciones especiales formada por exoficiales militares y detectives de la policía. El manga presenta casos individuales que investiga la Sección 9, junto con una investigación en curso, sobre el asesino en serie y el hacker conocido sólo como "The Laughing Man".