Un futuro cercano, donde los seres humanos han sido derrotados por los parásitos llamados Gastrea. Ellos han estado en el exilio en un pequeño territorio y viven en la desesperación, de lado a lado en el terror. Rentaro, es un chico que vive cerca de Tokio y miembro de la "Seguridad Ciudadana", una organización especializada en la lucha contra los Gastrea para llevar a cabo tareas peligrosas. Su compañero es Enju, una niña precoz. Luchan gracias a sus peculiares poderes hasta que un día, cuando reciben una asignación especial del gobierno. Esta misión de alto secreto es evitar la destrucción de Tokio...