La historia es idéntica a la del anime original, pero en esta ocasión se desarrolla en una era distinta, la era Edo. El protagonista, Renya, es un adolescente de 17 años con un implante mecánico en su brazo izquierdo que logra arrojar alrededor de 100 shurikens en un breve periodo de tiempo. Todo comienza cuando Renya se topa con una misteriosa bruja llamada Reifū C.C. La propia C. C. viaja hasta la era Edo para realizar un pacto con un nuevo socio. Mientras tanto, un misterioso personaje con gran parecido a Lelouch irrumpe, sin conocerse con certeza sus verdaderas intenciones.